1990年6月，經中央批準，在上海創辦了中國第一保稅區——上海外高橋保稅區。1992年以來，國務院又陸續批準設立了14個保稅區和一個享有保稅區優惠政策的經濟開發區，即天津港、大連、張家港、深圳沙頭角、深圳福田、福州、海口、廈門象嶼、廣州、青島、寧波、汕頭、深圳鹽田港、珠海保稅區以及海南洋浦經濟開發區。全國15個保稅區隔離設施已全部經海關總署驗收合格，正式投入運營。

1992年，在鄧小平同志南巡講話發表之后，各保稅區紛紛加快了實質性啟動，基本建設進展迅速，初步形成了招商引資的軟硬環境，海內外客商投資踴躍，大多數保稅區首期開發區域的土地已批租或出讓完畢，并在進一步開發二期工程，吸引外資工作也出現了可喜的局面。

經過多年的探索和實踐，全國各個地區的保稅區已經根據保稅區的特殊功能和依據地方的實際情況，
逐步發展成為當地經濟的重要組成部分，集中開發形成的功能有保稅物流和出口加工。

隨著中國加入WTO，全國保稅區逐步形成區域性格局，南有以廣州、深圳為主的珠江三角洲區域，中有以上海、寧波為主的長江三角洲區域，北有以天津、大連、青島為主的渤海灣區域，三個區域的保稅區成為中國與世界進行交流的重要口岸，并形成獨特的物流運作模式。